Der große Siedlungsraum der Tupí-Guaraní an der Küste und die Tatsache, dass alle diese Völker eine ähnliche Sprache verwendeten, hatten zur Folge, dass die portugiesischen Eroberer in der Zeit fast ausschließlich Kontakt mit den Völkern hatte welche der Tupí-Guaraní Sprachgruppe angehören.
Die ersten kulturellen Anfänge Brasilien war also wesentlich durch die Tupi geprägt. Später bevorzugten die Neobrasilianer grade Indianer der Tupi um mit ihnen zusammenzuleben oder sie zu versklaven. [...] sie legten Siedlungen dort an, wo indianische Dörfer gestanden hatten. [ ] Bis zu ihrer Ausrottung waren die Indianer jedoch die genetische und kulturelle Grundsubstanz für die Entwicklung Brasiliens (Ribeiro, 269)
Die Portugiesen nutzten ihre Kolonien in der ersten Zeit nicht zum besiedeln.
Es waren zweckmäßige Ansiedlungen. Sie wurden benötigt um den Abbau und die Verschiffung von Brasilholz zu organisieren oder um Zuckerrohrplantagen anzulegen.
Deshalb war auch der Frauenanteil mit 1:100 sehr gering, was der raschen Vermischung betrug. Die Indianer wurden gebraucht da sie mit der Umgebung vertraut waren, das Brasilholz ausfindig machen und zur Küste transportieren konnten.
Aus den Verbindungen zwischen Europäischen Männern und indianischen Frauen entstanden Mestizen. .. sie identifizierten sich stärker mit ihren Vätern, sprachen aber besser die Sprache ihrer Mütter mit denen sie aufwuchsen, so dass sie mehr von der indianischen als von der europäischen Kultur erbten(ebd.,267)
Sie standen unter Aufsicht der Europäer, lebten teilweise in eigenen Mestizensiedlungen und übernahmen später die Vermittlung zwischen Europäern und Indianern.
Die Kolonialherren versuchten vielfach Indianer zu versklaven, was ihnen zwar gelang, aber den Bedarf an Sklaven nicht decken konnte. Die Indianer waren nicht als einfach ganzes Volk zu unterwerfen, da sie mit ihrer egalitären Sozialstruktur die Idee einer herrschenden Schicht nicht kannten. Es gab so genannte Bandeirantes welche Indianer als Sklaven einfingen, jedoch starben viele der Eingefangenen schon beim Transport oder flüchteten in den Urwald. Eine weitere Aufgabe dieser Bandeirantes war die Bekämpfung der Spanier die versuchten die im Vertrag von Tordesillas beschlossene Grenzlinie innerhalb Südamerikas zu verteidigen.
Die Europäer rühmten die neue Welt frühzeitig als Paradies ohne Krankheiten, ohne zu ahnen, dass sie selbst deren Überträger sind. Zahlreiche Indianer starben daraufhin an den Krankheiten welche die Portugiesen aus Europa mitbrachten, da ihre Immunsysteme darauf nicht vorbereitet waren.
Die Kolonialherren betrieben in starker Form Christianisierung. Es gab Massen-Bekehrungen der ungläubigen Indianer und Mestizen. Feind und Fremder der katholischen Portugiesen war, in der damaligen Zeit der Gegenreformation in Europa, der Nicht-Katholik.
Ab dem Beginn des 17 Jh. beginnen der Jesuiten-Orden mit der Mission und errichteten den so genannten Jesuiten Staat im. Der Orden war direkt dem Papst unterstellt und somit sowohl für die Spanier als auch für die Portugiesen unantastbar. Die Indianer in den Missionen konnten somit nicht versklavt werden. Die Jesuiten betrieben eine eher sanfte Mission. Sie lernten die Sprache der Guaraní und ersetzten ihre Götter durch christliche Heilige. Sie betrieben außerdem Schulen in denen sie die Bibel lehrten. (vgl. Poschinger-Camphausen). Damit nahmen sie den Indianern ihre Kultur und ihre spirituelle Beindung an ihre Umwelt. Sie wurden in eine christliche Lebensweise assimiliert.
Nachdem die Portugiesen ihre Interessenskonflikte mit den Spaniern geklärt hatten und forderten die Portugiesen die Umsiedelung der von den Jesuiten, kam es zu den Guaraní Kriegen. Nach 5 Jahren wurden die Guaraní besiegt und vertrieben.
Durch Versklavung Vertreibung und Epidemien wurde im Zeitraum von 1500 1900 die Anzahl der indigenen Bevölkerung radikal von 4-6 Mio. auf ca.300000 dezimiert.